W 2001 roku założył Fundację Open Russia działającą na rzecz szerzenia demokracji i idei społeczeństwa obywatelskiego oraz rozwoju kultury i współpracy międzynarodowej w Federacji Rosyjskiej. W 2003 r. został aresztowany pod zarzutem uchylenia się od płacenia podatków oraz nieprawidłowości przy prywatyzacji przedsiębiorstw, co zostało powszechnie uznane za zemstę polityczną Kremla. W maju 2005 r. moskiewski sąd skazał Chodorkowskiego na 9 lat pozbawienia wolności i odbycie kary w kolonii karnej. Kilka miesięcy później Sąd Miejski w Moskwie obniżył karę do 8 lat. W grudniu 2013 r. został ułaskawiony przez prezydenta Rosji Władimira Putina. Tego samego dnia wyjechał z Rosji.